ANIMAL BREEDING AND REPRODUCTION BIOTECHNOLOGY - PDF

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International Master on ANIMAL BREEDING AND REPRODUCTION BIOTECHNOLOGY PRODUCTIVE CHARACTERISTICS OF FOUR MATERNAL LINES OF RABBIT BY Mohamed Mohamed Ragab SUPERVISOR Prof. Manuel Baselga Izquierdo Valencia,
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International Master on ANIMAL BREEDING AND REPRODUCTION BIOTECHNOLOGY PRODUCTIVE CHARACTERISTICS OF FOUR MATERNAL LINES OF RABBIT BY Mohamed Mohamed Ragab SUPERVISOR Prof. Manuel Baselga Izquierdo Valencia, Spain 2009 ACKNOWLEDGEMENTS All of thanks are due to my God (ALLAH) the Generous the Sustainer for his gracious kindness in all the endeavors I have taken up in my life. This work would not have been possible without the support and encouragement of my colleague and supervisor Prof. Manuel Baselga, under his supervision I chose this topic and began the thesis. He shared with me a lot of his expertise and research insight. I have learned a lot from your research style and way of thinking and I have relied very much on your advices for my development as a scientist. My deepest gratitude and many thanks are due to my colleagues, with special affection to: Agustín Blasco, who introduced me in the field of Bayesian statistical analysis; Rosa Peiró, for her sharing me the scientific ideas, advices, encouragement and support through the working; Maria Antónia Santacreu, for her encouragement and support (Gracias por la cena); Celia Quirino, who always give help in any time, encouragement and hear to my problems. : Ion Perez, who helped me in data collection and transportation of my things from one apartment to another; Cefe Torres for his continuous help and encouragement. I would like to express my gratitude to colleagues who are in the Department of Animal Science, especially in the fourth floor (Pilar, Raquel, Paty, Cristina and Vero) and members of animal farm (Cefe, Rafa, Noelia, Ion) for their continuous help and support through the work. My sincere thanks to my Egyptian friends: Trak, M. Maher, Ramy and M.Ali, for supporting, encouragement me and for the good time we shared in our apartment. I m most grateful to the Mediterranean Agronomic Institute of Zaragoza (IAMZ), for supporting me with a full grant to study two years for having the international master degree, which helped me to exchange powerful scientific ideas with persons from different countries and upgrade my knowledge. Special acknowledgement is due to the Foundation Agroalimed for granting and supporting this work to prepare me as a scientist. I would like to express my deepest thanks to my lovely wife (Asmaa) and my son (Youssof) for their continuous encouragement, love, and confidence in me which were great motivations to complete this work. I cannot finish without saying how grateful I am with my family: father, mother, brothers and sisters have given me a loving environment where to develop. ABSTRACT The objective of this study was to compare litter size traits and kindling interval in four Spanish maternal lines of rabbit (A, V, H and LP lines) selected for litter size at weaning. The analysis were performed at the origin of the lines (data from June 1980 to February 2009) and during the last six year-seasons shared at the same farm by at least three lines (to analyze the A, V and H lines the data used were from December 2002 to May 2004 and to analyze the A, V and LP the data used were from September 2007 to February 2009). The results can be summarized as follows: 1. Heritabilities estimated for litter size traits were generally low, being 0.14 for total born, 0.10 for number born alive, 0.08 for litter size at weaning (28 days), 0.08 for litter size at marketing (63 days) and 0.05 for kindling interval. 2. Direct genetic correlations between litter size at weaning and other traits were highly positive, being 0.80 with total born, 0.90 with number born alive and 0.96 with number marketed. However, the genetic correlation between litter size and kindling interval was negative (-0.24). 3. Low to moderate estimates for repeatability were observed for litter size traits, being 0.24 for total born, 0.20 for number born alive, 0.16 for number weaned, 0.15 for number marketed and 0.10 for kindling interval. 4. The inbreeding had a low negative effect on litter size traits. The effect on kindling interval was irrelevant. 5. At the origin, line V had a higher litter size (total, alive, weaned and marketed) than line A. Also, LP and H lines had higher litter sizes than the line A. In addition, LP line had higher litter size than line V. Regarding the kindling interval, line H had a shorter interval than line A, while line LP had a shorter interval than line V. 6. Analyzing the results of lines V, H and A from December 2002 to May 2004, lines H and V had a higher litter size than line A. Comparing lines V and H, the last line had the highest total born. However, the number of born alive was similar to line V, which showed higher litter size at weaning and litter size at marketing. Regarding the kindling interval, line V had shorter interval than lines A and H. 7. Analyzing the results of lines LP, V and A from September 2007 to February 2009, line V had a higher total born than line A. However, there were no differences between both lines in number born alive, litter size at marketing and kindling interval. Furthermore, no significant differences were found when comparing the LP line with lines V and A. RESUMEN El objetivo de este trabajo fue comparar el tamaño de camada y el intervalo entre partos en cuatro líneas maternales de conejo (A, V, H y LP) seleccionadas por tamaño de camada al destete. Los análisis se realizaron en el origen de las líneas (datos de junio 1980 a febrero de 2009) y en los últimos seis años-estación compartidos en la misma granja por al menos tres líneas (para analizar las líneas A, V y H se utilizaron los datos desde diciembre de 2002 hasta mayo de 2004 y para comparar las líneas A, V y LP se utilizaron los datos desde septiembre de 2007 hasta febrero de Los resultados obtenidos fueron: 1. Las estimas de la heredabilidad para el tamaño de camada han sido bajas, siendo de 0,14 para el número de nacidos totales, 0,10 para el número de nacidos vivos, 0,08 para el tamaño de camada al destete (28 días), 0,08 para tamaño de camada al sacrificio (63 días) y 0,05 para el intervalo entre partos. 2. Las correlaciones genéticas entre el tamaño de camada al destete y los caracteres analizados son elevadas y positivas; 0,80 con el número de nacidos totales, 0,90 con el número nacidos vivos y 0,96 con el número de sacrificados. Sin embargo, la correlación genética entre el tamaño de camada al destete y el intervalo entre partos ha sido negativo (-0,24). 3. Las estimas de la repetibilidad han sido bajas-moderadas para los caracteres analizados; 0,24 para el número de nacidos totales, 0,20 para el número de nacidos vivos, 0,16 para el número de destetados, 0,15 para el número de sacrificados y 0,10 para el intervalo entre partos. 4. La consanguinidad ha tenido un pequeño efecto negativo sobre los caracteres del tamaño de camada. Su efecto positivo sobre el intervalo entre partos fue irrelevante. 5. Al analizar los resultados en el momento en el que se constituyen las líneas se observa que la Línea V tiene un mayor tamaño de camada (totales, vivos, destetados y sacrificados) que la línea A. También las líneas H y LP presentan mayores tamaños de camada que la línea A. Además, la línea LP presenta mayor tamaño de camada que la línea V. Al analizar el intervalo entre partos se observa que la línea H tiene un menor intervalo que la línea A, mientras que la línea LP tiene un menor intervalo que la línea V. 6. Al analizar los resultados de las líneas V, H y A desde diciembre de 2002 hasta mayo de 2004 se observa que las dos primeras líneas (V y H) presentan un mayor tamaño de camada que la línea A. Al comparar las líneas V y H se observa que el número de nacidos totales es mayor en la línea H. Sin embargo, el número de gazapos vivos es similar, siendo la línea V la que presenta mayor tamaño de camada al destete y número de sacrificados. Respecto al intervalo entre partos, la línea V presenta un menor intervalo que la línea A y H. 7. Al analizar los resultados de las líneas LP, V y A desde septiembre de 2007 hasta febrero de 2009 se observa que la línea V tiene un mayor número de nacidos totales que la línea A. Sin embargo, no existen diferencias entre ambas líneas en el número de nacidos vivos, el número destetados, el número de sacrificados y el intervalo entre partos. Además, no se han encontrado diferencias significativas al comparar la línea LP con las líneas V y A. RESUM L'objectiu d'aquest treball és comparar el nombre de llorigons així com l interval entre parts en quatre línies maternals de conill (A, V, H i LP) seleccionades pel tamany de la ventrada al deslletament. Els anàlisis es van realitzar en dos moments; l'origen de cadascuna de les línies i en els últims sis anys-estació compartits en la mateixa granja per almenys tres línies: per a analitzar les línies A, V i H es van utilitzar les dades des de Desembre de 2002 fins a Maig de 2004 i per a comparar les línies A, V i LP es van utilitzar les dades des de Setembre de 2007 fins a Febrer de Els resultats obtinguts han sigut els següents: 1. Les estimes de l heretabilitat per al tamany de la ventrada han sigut baixes; 0,14 per al nombre de nascuts totals, 0,10 per al nombre de nascuts vius, 0,08 per al tamany de la ventrada al deslletament (28 dies), 0,08 per al tamany de la ventrada al sacrifici (63 dies) i 0,05 per a l'interval entre parts. 2. Les correlacions genètiques entre el tamany de la ventrada al deslletament i els caràcters analitzats van ser elevats i positius; 0,80 amb el nombre de nascuts totals, 0,90 amb el nombre nascuts vius i 0,96 amb el nombre de sacrificats. No obstant això, la correlació genètica entre el tamany de ventrada al deslletament i l'interval entre parts ha sigut negatiu (-0,24). 3. Les estimes de la repetibilitat han sigut baixes-moderades per als caràcters analitzats; 0,24 per al nombre de nascuts totals, 0,20 per al nombre de nascuts vius, 0,16 per al nombre de deslletats, 0,15 per al nombre de sacrificats i 0,10 per a l'interval entre parts. 4. La consanguinitat ha tingut un efecte negatiu sobre els caràcters del tamany de la ventrada i un efecte irrellevant sobre l'interval entre parts. 5. Al analitzar els resultats en el moment en el qual es van constituir les línies s'observa que la Línia V té un major tamany de ventrada (totals, vius, deslletats i sacrificats) que la línia A. També les línies H i LP presenten majors tamanys de la ventrada que la línia A. A més, la línia LP presenta major tamany de la ventrada que la línia V. Al analitzar l'interval entre parts s'observa que la línia H té un menor interval que la línia A, mentre que la línia LP té un menor interval que la línia V. 6. Al analitzar els resultats de les línies V, H i A des de Desembre de 2002 fins a Maig de 2004 s'observa que les dues primeres línies (V i H) presenten un major tamany de la ventrada que la línia A. Al comparar les línies V i H s'observa que el nombre de nascuts totals és major en la línia H. No obstant, el nombre de llorigons vius és similar, sent la línia V la que presenta major el tamany de la ventrada al deslletament i nombre de sacrificats. Respecte a l'interval entre part, la línia V presenta un menor interval que les línies A i H. 7. Al analitzar els resultats de les línies LP, V i A des de Setembre de 2007 fins a Febrer de 2009 s'observa que la línia V té un major nombre de nascuts totals que la línia A. No obstant això, no existeixen diferències entre les línies en el nombre de nascuts vius, el nombre de sacrificats i l'interval entre parts. A més, no s'han trobat diferències significatives al comparar la línia LP amb les línies V i A. RÉSUMÉ L objectif de ce travail est de comparer la taille de portée et l'intervalle entre misebas de quatre lignées des lapins (A, V, H et LP) sélectionnées pour la taille de portée au sevrage. Les analyses ont été réalisés en deux moments, l'origine de chacune de ces lignées et pendant les derniers six ferme-saison-années cohabitent au moins trois lignées: pour analyser les lignes A, V, et H, ils ont été utilisées des dates depuis décembre 2002 jusqu'a mai 2009 et pour comparer les lignées A, V, LP ils ont été utilisées des dates depuis décembre 2007 jusqu'a février Les résultats obtenus ont été: 1. Les estimations de la heretabilité pour la taille de portée ont été faibles, de 0.14 pour le nombre de nés totaux, 0.10 pour le nombre de nés vivants, 0.08 pour la taille de portée a la sevrage (28 jours), 0.08 pour la taille de portée a la sacrifice (63 jours) et 0.05 pour l'intervalle entre mise-bas. 2. Les corrélations génétiques entre la taille de portée a la sevrage et les autres caractères analysés sont élevées et positives; 0.80 avec le nombre des nés totaux, 0.90 avec le nombre des nés vivants et 0.96 avec le nombre des sacrifiés, mais la corrélation génétique entre la taille de portée au sevrage et l'intervalle entre mise-bas a été négative. 3. Les estimations de la repetabilité ont été faibles- modérées pour les caractères analysés, 0.24 pour le caractère nombres des nés totaux, 0.20 pour le nombre de nés vivants, 0.16 pour le nombre de sevrés, 0.15 pour le nombre des sacrifiés et 0.10 pour l'intervalle entre mise-bas. 4. La consanguinité affecte négativement sur les caractères de la taille de portée et a un effet irrelevant sur l'intervalle entre mise-bas. 5. Analysant les résultats au moment de la constitution des lignées s'observe que la lignée V présente a taille de portée plus élevée (totaux, vivants, sevrés et sacrifiés) que la lignée A. Aussi les lignées H et LP présentent tailles de portées plus grandes que la lignée A. En plus la lignée LP présente taille de portée plus grande que la lignée V. Analysant l'intervalle entre mise-bas s'observe que la lignée H a une intervalle plus petit que la lignée A, alors que la lignée LP a un intervalle plus petit que la lignée V. 6. Analysant les résultats des lignées V, H et A depuis décembre 2002 jusqu'a mai 2004 s'observe que les de deux premières lignées (V et H) présentent une taille de portée plus grand que la lignée A. Si on compare les lignées V et H s'observe que les deux premières lignées (V et H) présentent une taille de portée plus grand que la lignée A. Comparant les lignées V et H s'observe que le nombre de nés totaux est plus grand a la lignée H; malgré que le nombre de lapereaux vivants est similaire, la lignée V c'est celle qui présente la plus grande taille de portée au sevrage et nombre de sacrifiés. Ce qui concerne l'intervalle entre mise-bas, la lignée V présente le plus faible intervalle. 7. Analysant les résultats des lignées LP, V et A depuis septembre 2007 jusqu'a février 2009 s'observe que la lignée V présente a nombre de nés totaux plus grand que la lignée A. Malgré, il n'existe pas des différences entre l ensemble des lignées concernant le nombre de nés vivants, le nombre sèvres, nombre de sacrifiés et l'intervalle entre mise-bas. En plus, on n a pas trouvés différences significatives comparant la lignée LP avec les lignées V et A. RESUMO O objetivo do trabalho foi comparar o tamanho de ninhada e o intervalo entre partos de quatro linhas maternas de coelhos (A, V, H e LP) selecionadas pelo tamanho de ninhada à desmama (TND). As análises foram realizadas em dois momentos, no momento do origem de cada uma das linhas e nos últimos seis anos-estação com animais na mesma granja e com, ao menos, três linhas. Para analizar as linhas A, V e H utilizaram-se os dados de Dezembro de 2002 até Maio de 2004 e para comparar as linhas A, V e LP utilizaram-se os dados de Setembro de 2007 até Fevereiro de Os resultados obtidos foram: 1. As estimações herdabilidades para o tamanho de ninhada foram baixas, sendo 0,14 para o número de nascidos totais, 0,10 para o número de nascidos vivos, 0,08 para o tamanho de ninhada à desmama (28 días), 0,08 para o tamanho de ninhada ao abate (63 días) e 0,05 para o intervalo entre partos. 2. As correlaçoes genéticas entre o tamanho de ninhada à desmama (TND) e as caracteristicas analizadas foram altas e positivas; 0,80 entre TND e número de nascidos totais, 0.90 para TND e número nacidos vivos e 0,96 para TND e número de abatidos. A correlaçao genética entre TND e o intervalo entre partos foi negativa (-0,24). 3. A repetibilidade das caracteristicas foram de baixas a moderadas para as características analizadas. Para número de nascidos totais foi de 0,24, para número de nascidos vivos foi 0,20, para número de destetados foi 0,16, para número de abatidos foi 0,15 e para el intervalo entre partos foi 0, A consanguinidade teve efeito negativo sobre as características do tamanho de camada e efeito irrelevante sobre o intervalo entre partos. 5. Ao analizar os resultados no momento do origem das linhas verificou-se que a linha V teve maior tamanho de ninhada (totais, vivos, desmamados e abatidos) do que a linha A. As linhas H e LP também apresentaram maiores tamanhos de ninhada do que a linha A. A linha LP apresentó maior tamanho de ninhada do que a linha V. Para o intervalo entre partos, observa-se que a linha H teve um menor intervalo do que a linha A, enquanto que a linha LP teve um menor intervalo do que a linha V. 6. Ao analizar os resultados das linhas V, H e A desde Dezembro de 2002 até Maio de 2004, observou-se que as duas primeiras linhas (V e H) apresentaram maior tamanho de ninhada do que la línea A. Ao comparar as linhas V e H observou-se que o número de nascidos totais foi maior na linha H. Noentanto, o número de láparos vivos foi similar, sendo que a linha V é a que apresenta maior tamanho de ninhada à desmama e maior número de abatidos. Em relação ao intervalo entre parto, a linha V apresentou menor intervalo do que as linhas A e H. 7. Ao analizar os resultados das linhas LP, V e A desde Setembro de 2007 até Fevereiro de 2009, observou-se que a linha V apresentou maior número de nascidos totais do que a linha A. Entretanto, não foram detectadas diferenças entre ambas linhas no número de nascidos vivos, no número de desmamados, no número de abatidos e no intervalo entre partos. Também, no foram achadas diferenças significativas ao comparar a línea LP com as linhas V e A CONTENTS SUBJECT PAGE 1. INTRODUCTION RABBIT PRODUCTION GENETIC IMPROVEMENT IN RABBIT SELECTION OF MATERNAL LINES LITTER SIZE KINDLING INTERVAL INBREEDING DEPRESSION OBJECTIVES MATERIALS AND METHODS ANIMALS FLOCK MANAGEMENT THE LINE A THE LINE V THE LINE H THE LINE LP INBREEDING COEFFICIENT STUDIED TRAITS STATISTICAL ANALYSIS GENETIC ANALYSIS COMPARISON AT THE ORIGIN OF LINES COMPARISON AT FIXED TIMES RESULTS AND DISCUSSION DESCRIPTIVE STATISTICS INBREEDING COEFFICIENT GENETIC PARAMETERS LITTER SIZE TRAITS KINDLING INTERVAL THE COMPARISONS BETWEEN LINES AT THE ORIGIN EFFECT OF THE INBREEDING CONTRASTS BETWEEN LINES AT THEIR ORIGIN THE COMPARISONS BETWEEN LINES AT FIXED TIMES CONCLUSIONS REFERENCES 44 XIII LIST OF TABLES TABLE TABLE 1: LIST OF SOME SPECIALIZED MATERNAL LINES SELECTED IN DIFFERENT COUNTRIES TABLE 2: REVIEWED ESTIMATES OF HERITABILITY (h 2 ) AND REPEATABILITY (r) ESTIMATED BY ANIMAL MODELS FOR LITTER SIZE TRAITS IN RABBITS TABLE 3: NUMBER OF BUCKS, DOES, LITTERS AND CRUDE MEANS OF LITTER SIZE (MEAN) AT WEANING BY GENERATION. LINE A TABLE 4: NUMBER OF BUCKS, DOES, LITTERS AND CRUDE MEANS OF LITTER SIZE (MEAN) AT WEANING BY GENERATION. LINE V TABLE 5: NUMBER OF BUCKS, DOES, LITTERS AND CRUDE MEANS OF LITTER SIZE (MEAN) AT WEANING BY GENERATION. LINE H TABLE 6: NUMBER OF BUCKS, DOES, LITTERS AND CRUDE MEANS OF LITTER SIZE (MEAN) AT WEANING BY GENERATION. LINE LP TABLE 7: BASIC STATISTICS FOR LITTER SIZE TRAITS AND KINDLING INTERVAL (MEAN, STANDARD DEVIATION (SD) AND EXTREME VALUES) TABLE 8: BASIC STATISTICS OF INBREEDING COEFFICIENT FOR
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